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La fucsina básica es útil en la tinción de Ziehl-Neelson para detectar bacilos ácido-rápidos. También se utiliza para teñir bacilos tubérculos y flagelos bacterianos. Desempeña un papel importante en las secciones de tejido para visualizar las fibras elásticas, y el tejido muscular cardíaco y esquelético.
